Tahun 1996
Ribut Greg yang membawa hujan ribut ke Sabah pada 26 December 1996 telah menyebabkan banjir di bahagian utara timuran Sabah (Keningau) dan telah mengorbankan banyak nyawa. Kebanyakan mangsa adalah rakyat Indonesia yang bekerja di daerah tersebut.
Hujan lebat berserta dengan angin kencang telah mengakibatkan air Sungai Liawan, Sungai Pampang, Sungai Sinagang dan Sungai Bayayo melimpah tebingnya. Kawasan-kawasan lain yang turut menerima ancaman ribut ini adalah Tuaran, Papar, Kota Kinabalu, Penampang, Tawau dan Sandakan.
Tahun 1997
Banjir kilat yang melanda ibu negeri dan Penampang pada 17 Mei 1997 menyebabkan kebimbangan dan kesusahan serta kesesakan lalulintas di dalam dan sekitar bandar berikutan hujan lebat bermula selepas jam 3.00 petang. Ia berterusan hingga lewat petang dan pada jam 8.00 malam.
Ramai pemandu terkandas di jalan-jalan, manakala para pejalan kaki enggan menaiki perkhidmatan pengangkutan awam dengan pulang berjalan kaki.
Kebanyakan lokasi yang terlibat ialah kawasan-kawasan yang terdedah kepada banjir seperti Putatan, Penampang, Luyang, Likas, Inanam dan Menggatal. Banjir ini berlaku disebabkan sistem perparitan yang tidak sempurna.
Keadaan yang sama turut berlaku di Sandakan. Banjir ini dikatakan berlaku disebabkan oleh pembinaan jalan yang menyebabkan parit-parit tersumbat. Kawasan yang terjejas adalah kawasan perumahan yang mengakibatkan banyak perkakas rumah musnah.
Tahun 1999
Banjir yang paling teruk melanda Sabah berlaku pada 6 Januari 1999. Lebih 2000 penduduk
di tujuh daerah di Sabah telah dipindah ke beberapa pusat pemindahan sementara. Hujan
lebat turun lebih 10 jam tanpa berhenti mengakibatkan banjir besar. Daerah Penampang yang
merupakan kawasan yang paling teruk dilanda bencana tersebut. Mengikut laporan, 57 kawasan
di tujuh daerah terlibat itu adalah Kota Kinabalu sebanyak 12 kawasan, Penampang (22),
Papar (10), Kota Belud (7), Tuaran (5), Beaufort (3) dan Keningau (3).